2018年12月

RStudioには「プロジェクト」という機能があります。

プロジェクトを使うとファイルやデータの整理が行いやすくなります。

プロジェクトに慣れると「もしかしたらEZRなどのRコマンダーよりも使いやすいかも」と思うかもしれません。

今回はプロジェクトの初心者向けの使い方を紹介します。


プロジェクトを作ってみる

File → New Projectを選ぶ
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New Directoryを選択
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New Projectを選択
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プロジェクトの名前と保存先のフォルダを選択
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完成
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何をしたのか?


上記画面をよく見るとプロジェクトの名前でフォルダが作られています。確かに先はどの画面ではフォルダ名と場所を指定したようです。


メリット

プロジェクトを作ると1つのプロジェクトには1つのフォルダという習慣がつくようになります。すると以下のようなメリットがでてきます。

  1. スクリプト(プログラム)が保存しやすく、途中でやめても再開しやすい
  2. スクリプトをタブで複数管理できる
  3. 分析で使うExcelのファイルが簡単に確認・編集できる
  4. 結果(表やグラフの画像)を保存する時、自動的にこのフォルダに保存される

1.スクリプト(プログラム)が保存しやすく、途中でやめても再開しやすい

EZRなどのRコマンダーを使う方は作業を途中で中断する場合はどうするでしょうか。スクリプトを保存するという方もいると思いますが、Rに慣れていないと「もう一回最初からやり直す」という方が多いのではないでしょうか。また仮説検証的研究であれば目的の統計以外行うことはないですが、対数変換やグラフの作成、もしくは仮設探索的研究であればRを使ったいろいろな作業があります。

Rコマンダーで1からやり直すとなると途中で止められないですし、翌年に研究を行う時「あれっ、前どうしたっけ・・・?」となりやすいです。

RStudioでプログラムを作るようになると作業や分析の過程が残るので途中で中断することもできます。



2.スクリプトをタブで複数管理できる

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1つのスクリプトに全部のプログラムを入れるとすごく長くなってしまいます。1つのプロジェクトに複数のスクリプトやR Markdownが保存できるので以下のような使い方ができます。

  • 勉強しているRの本でプロジェクトを作り、章毎にスクリプトをつくる
  • 『試し』ファイルに色々作ったグラフや統計を残し、実際の研究で使う分だけを『本番』にコピペしておく
  • 『Markdown』で直接WordやPowerPointのファイルを作ってしまう

Rコマンダーはスクリプトを使い分けるのは得意ではない印象を受けます。



3.分析で使うExcelのファイルが簡単に確認・編集できる

プロジェクトのフォルダにExcelのデータを入れておくと非常に便利です。いちいち他の画面に変えなくてもExcelを開くことができるので、その場でファイルの確認や操作が行なえます。

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Rにエクセルファイルを読み込ませる時も「Import Dataset」を選ぶと簡単にできます。

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Rの中で使う名前を決め、複数シートがあったり選択範囲が必要な場合は選択すればすぐに取り込めます。


4.結果(表やグラフの画像)を保存する時、自動的にこのフォルダに保存される

グラフを保存する時もプロジェクトで行っていると便利です。

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Save as Imageを選択



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ファイル名と画像のサイズを決める



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完成したファイルは特に設定を変えなければプロジェクトのフォルダに保存されるので、他の研究のファイルと混ざることもありません。



まとめ

今回はプロジェクトの基本的な使い方を説明しました。もっと使える人はgitでプロジェクトの管理を行うなど色々なことができるかもしれませんが、研究で医療統計を使ったりRの勉強を行う程度であればこのような使い方でも十分ではないかなと思います。

RStudioを使う場合はぜひプロジェクトも活用してみてください!

今までExcelだけで、プログラミングをしたこと無い方はRの画面は非常にとっつきにくいです。そのためRコマンダー(EZRや改変Rコマンダー)は初めて統計を行う方におすすめのソフトです。しかし使いやすいと言っても初めて見るとよくわからないのが正直なところだと思います(自分がそうでした)。

今回はRの基本的な画面の説明を行います!


Rコマンダーの基本的な画面
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メニューバー
ここでエクセルデータの読み込み、統計、グラフや表の作成などほとんどの操作を行います。

そしてRコマンダーと改変Rコマンダー、EZRはメニューの位置が微妙に違います。


スクリプトウィンドウ

メニューバーで行った操作を行うとここに自動的にプログラムが書き込まれ、下の出力に結果が出てきます。

このスクリプトウィンドウを保存しておくと、再度同じ統計を実行することができます。

またスクリプトウィンドウに自分でプログラムを書くことができますが、正直RStudioの方が使いやすいです。


RStudioとの比較


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細かい事を言うと機能は違うのですが、画面としては上段のスクリプトウインドウと下に結果が出てくるという似た構図になります。

違いとしてはRStudioでプログラムを書くのに対し、Rコマンダーではメニューで統計を選択するのでスクリプトウインドウをあまり使わないところでしょうか。

加えてRStudioの右側にあるEnvironmentビューやFilesビュー、Plotsビュー、パッケージビューがRコマンダーにはありませんが、操作ができないというわけではありません。


スクリプトウインドウの別の使い方

メニューで統計をしてしまうのでスクリプトウインドウを使う場面は少ないのですが、別の使い方もできます。

それはRコマンダーで出てきたプログラムを読んで勉強するです。

決して見やすくないのと、ある程度慣れないと英語ばかりで何のことかわからないのですが、EZRとRStudioを両方使いしている時はEZRで行って出たプログラムを見て勉強することもできなくはありません。


まとめ


今回はRコマンダーの画面の説明を行いました。前回のRStudioの説明と併せて自分にあうソフトを選んでください。

プログラミングの経験がなくExcelしか使ったことない方は、初めてRを開くと全く意味がわからなく感じると思います。

今回はRStudioの画面の説明を簡単に行います!


RStudioの画面

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RStudioを開くと3つの画面に分かれています。
色が紺色なのは私の好みで変えているだけです。色は設定で変更が可能です。

ただこれでは不十分で、次の操作でR Scriptを開きます。


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改めてRStudioの基本の画面!


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左上:スクリプトウィンドウ
基本はここでプログラムを書いたり、読み込んだエクセルファイルのデータを見ることができます。
他にもMarkdownなどあるのですがここでは割愛します。
スクリプトウィンドウが基本的な作業場になります

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左下:コンソールウィンドウ
Rの本体のような部分になります。ここはコードを書いて結果を出せるのですがここにはプログラムを書かず、上のスクリプトウインドウで書いたプログラムの結果を出す使い方がわかりやすいかと思います。

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右上:Environmentメニュー
いくつかあるのですが、プログラムで使用したデータや定義した変数(使いながら説明していきます)の一覧が乗っています。

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右下:Firesビュー、Plotsビュー、パッケージ

Filesビューではパソコン内のファイル一覧をみることができます。
エクセルファイルを読み込んだり、エクセルファイルの編集もここから可能です。

Plotsビューでは作成したグラフを確認したり保存したりできます。

パッケージには様々なパッケージが並んでいて、クリックするだけでパッケージのインストールが可能です。ここにないパッケージもインストール可能です。

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プロジェクト

右上にプロジェクトを選ぶボタンがあります。

後々説明しますが、Rstudioを使うときはプロジェクト単位で管理すると使いやすく、ここで切り替えることができます。

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まとめ

今回はRStudioの基本的な画面を説明しました。

使い方は少しずつ説明していきますが、少しでも全体像をつかんでいただければ幸いです。



前回の記事ではRコマンダー(EZR、改変R)とRStudioについて解説しました。

しかしRコマンダーやRStudioといっても、どれを使えばいいのか?という疑問も出てくると思います。

今回はチャートを作成しましたので目的別にソフトを紹介します!


Rのソフト、何を選ぶか


先に全体像を貼っておきます。時間がない方はこの図だけでもご参照ください。
以下それぞれの解説を書いています。

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①結果がわかればいい。グラフも標準で十分。


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統計はあくまでもツールなので統計に時間をかけるよりも研究に時間を割いたほうが効率的です。

そのような意味でプログラムを書かなくても統計ができるRコマンダーが適しています。

Rコマンダーは改変RコマンダーやEZRがありますが改変RコマンダーはWindows専用ソフトなので、Macの場合は自動的にEZRになります。

ただ2つ確認したいことがあります。


  • どの本(セミナー)で統計を勉強しているのか?
統計を勉強するのに何かしらの書籍やセミナーに参加すると思いますが、その本が何の統計ソフトを使っているかを確認することをおすすめします。

弘前大学の対馬栄輝先生の書籍やセミナーを受講されている場合は改変Rコマンダーを使う方がスムーズに進められると思います。EZRに関する書籍も多くあり、その場合はEZRを選ぶとおすすめします。

ソフトでメニューの位置や特徴が微妙に違うので、本と同じソフトを使ったほうが効率的です。


  • Macで日本語が使えない場面がある問題
MacでEZRを使う場合はExcelデータに日本語が入っている場合注意が必要です。EZRに日本語が直接入力できなかったり、作ったグラフに日本語があると□□□みたいに文字化けします。

変数名を全て英語にするなら問題ありませんが(年齢→age)、日本語を使いたいなら次の②を検討する必要があります。




②Rコマンダーからステップアップをしてみたい
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もちろんですが、Rコマンダーにない統計手法やグラフはそのままでは使えません。

例えば下図の左のグラフはRの標準的なものを使っています。それでもエクセルよりは十分多くのグラフが作れますが、右のように自分でグラフが作れるようになるとできることが大きく増えます。

またEZRは慣れてきたけど、実際にRも使ってみたいという声も聞きます。
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このような場合はRStudio+EZRを使う事をおすすめします。実はRコマンダーでも「パッケージ」をインストールして機能を追加することはもちろんできます。しかしR Studioはプログラムの書きやすさや、パッケージの管理がR コマンダーより勝っています。

加えて言うとEZRは「パッケージ」として登録されています。そのためRStudioからクリックするだけでEZRを呼び出すことができます。改変R はできませんのであしからず。

なので基本EZRを使いながら少しずつR も勉強していくという使い方ができます。私は「EZRで出したのをRStudioでもやってみる。逆にRStudioで挑戦してできなかったらEZRで補完する」といった勉強をしています。



③統計も必要なんだけど、実は研究よりも機械学習、AIに興味がある

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Rもパッケージを使うことで機械学習は可能です。しかし近年、機械学習の分野ではPythonというプログラム言語の方が多く使われています。私はRとPythonどちらも勉強していくつもりですが、統計はRコマンダーに任せて、Pythonで機械学習を勉強するのはありだと思います。

現在統計の分野ではR の方が得意とされてますが、今年に入りPythonで統計をするための本も出版されてきました。もし研究や統計以上に機械学習・プログラミングに興味があればPythonに挑戦するのもいいかもしれません。学会の統計でPythonを使っていたらレアキャラかも!


まとめ

今回は目的別にRのソフトを選ぶ方法を紹介しました。

今からRを勉強してみたい方も、すでにEZRなど使っていて「次はどうすればいいか?」と思われている方の参考になれば幸いです。

それぞれのソフトの簡単な解説は「RコマンダーやRStudioなどRのソフトにも色々あるので解説してみる」でも紹介していますので、興味のある方はあわせてご覧ください。

統計に強いプログラミング言語であるRですが、使うためのソフトが色々あります。今回はどんなソフトがあるのか目的別に紹介します。
  

  前提:Rで必ずする3つのステップ

  
Rを使うためには次の3つのステップを行います
  1.   データ(Excelなど)をRに取り込む
  2.   統計する、またはグラフを書く
  3.   結果を保存する
言われてみるとそうなのですが、プログラミングをしたことがないと意外とイメージしにくいものです。エクセルやワードで「新規作成」するかすでに保存されているデータを開くことはあっても、他の形式のファイルを別ファイルで読み込む経験が圧倒的に少ないので。保存するときもエクセルのグラフをパワーポイントに貼り付けることはあっても、エクセルのグラフだけを図として保存することはまずありません。

  
「R」プラスαがあった方がいい理由

  
まずRを使うためには本体である「R」が必ず必要になります。なければiOSが入ってないiPhoneみたいなもので何も動きません。
  
そしてプログラミングの猛者ならRだけでもできるかもしれませんが、初心者だと困ることがあります。
  
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何をすればいいかわからない…そもそも何書いてるか意味わからない...
  
とりあえずExcelしか使ったことなかった自分はそっとソフトを閉じてしまった経験があります。
  

なぜわかりにくいのか?

  
Rはプログラミング言語なので、R本体だけだと①データ(Excel)の読み込み②統計③保存の全てでプログラムを書く必要があります。
  
初心者にとってExcelを読み込むだけでプログラムを書くのはめんどくさいし心が折れます。
  
そのためRを使いやすくするソフトや機能を追加する「パッケージ」を入れることをおすすめします。
  

RコマンダーかR Studioを使う
  

Rを使いやすくするソフトは数種類あります。
  
R コマンダー
  
プログラミングせずに統計が行えるソフトまたはパッケージです。プログラムを書かずにクリックだけでRが使えてしまいます。R コマンダーを使うと①データの読み込み②プログラムを書く③データを保存する全てでプログラムを書く必要がありません。
  
  R コマンダーには3つの種類があります。
 
  • R コマンダー
  • 改変R コマンダー
  • EZR
  
rコマンダー
基本形。改変R コマンダーもEZRとRこれを改造して機能を追加している。なので改変RかEZRをおすすめします。
  
弘前大学の対馬栄輝先生が作ったRコマンダーの改変版です。Windows専用。

"それなら,ということで独自の『改変Rコマンダー』を作成しました.改変Rコマンダーとは,当HP管理者が,Rコマンダーだけでは不十分な統計手法に,医学研究で頻繁に利用される手法を付け加えて改変したものです.いままで多くの方にご利用いただいて,バグなどを修正し,かなり使いやすくなっています."
対馬栄輝先生:RとRコマンダーより引用


対馬先生は理学療法士でもあり書籍や講習会を開くこともあるため名前を聞かれたことがある方も多いかと思います。

(実は)ダウンロードしたときについてくるパワーポイントのスライドは資料としても参考になります。


自治医科大学附属さいたま医療センターで開発されたWindows、Macの単体のソフトとしても使えますが。

そこで、Rコマンダーのカスタマイズ機能を利用して、多彩な統計解析機能を組み込んだ統計ソフトEZR (Easy R)を作成し、公開しています。特に生存解析、ROC曲線解析、メタアナリシス、サンプルサイズの計算など、医療統計で役立つ解析が充実しています。


実はEZRは改変Rコマンダーと違い「パッケージ」としても登録されている所に大きなポイントがあります(RStudioのところで説明します)。
 

  
  
RStudioは統合開発環境(IDE)といい、Rの機能を最大限活用できるソフトです。
  
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(個人の好みで外観を変更しています。初期設定だと背景白いです)

RStudioの特徴はなんといってもプログラムが書きやすいこととパッケージの使いやすさ、データの保存、管理がしやすいことです。加えてパッケージをインストールすることでRコマンダーやEZRを呼び出してRStudioと同時に使うことが可能です

Rコマンダー単体でもプログラムを書いたりデータを保存できるのですが、使い勝手が全く違います。Rコマンダーからステップアップを目指すつもりがあればRStudioをおすすめします。
  

まとめ

今回はRのソフトについて紹介しました。

しかしRコマンダーやRStudioといっても「じゃあ、どれを使えばいいのか?」という疑問も出てくると思います。

なので次回は「どのソフトを選ぶと良いのか?」を目的別に選べるチャートを作ります!

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